На нынешней территории Санкт-Петербурга и окрестностей примерно миллион лет назад находились лиственные леса, текли полноводные реки. В периоды глобальных похолоданий эта территория многократно покрывалась материковыми льдами. Толщина ледяного панциря достигала более 1 км. Эпоха великого оледенения длилась несколько десятков тысяч лет. Примерно 20—25 тысяч лет назад ледник начал таять и около 12 тысяч лет назад он растаял. 10—7,5 тысяч лет назад Невы ещё не было. На её месте текли две реки (ныне Тосна и Мга). Около 4—4,5 тысяч лет назад появилась Нева. Река в геологическом отношении сравнительно молодая. В нынешнем виде Нева сформировалась около 2,5 тыс. лет назад[1].
После очередного освобождения территории от ледника она стала заселяться палеоевропейскими племенами. Согласно одной из наиболее распространённых на текущий момент версий, название Неве дали западные индоевропейцы, ставшие свидетелями её прорыва из Ладожского озера в Финский залив[2]. В первом тысячелетии до нашей эры с Верхней Волги сюда пришли предки прибалтийско-финских народов.
В VIII—IX веках берега Невы заселили восточные славяне (ильменские словене и кривичи). В IX веке образовалась Новгородская Русь, и она стала контролировать земли, где позднее расположится Санкт-Петербург. За обладание данной территорией велась длительная борьба между Новгородом, а затем Россией, с одной стороны, и Швецией, с другой. В 1240 году в этом месте произошла Невская битва между шведами и новгородцами. В 1300 году шведами была основана крепость Ландскрона (венец земли) в устье Охты. В 1301 году она была захвачена и полностью уничтожена новгородцами под предводительством великого князя Андрея Александровича. По данным новгородских источников, в 1470-е годы в дельте Невы находилось много поселений: 15 деревень в низовьях Охты, на Петроградской стороне было 30 дворов, на Васильевском острове — 24 двора, 8 в Адмиралтейской части, деревня в 4 двора находилась на месте Александро-Невской лавры. Окрестности Невской дельты были более густо заселены[3].
Копия карты местности 1698 года
Новгородская республика в 1478 году была захвачена Московским княжеством и присоединена к нему. Поселения на приневской территории перешли из собственности новгородской знати в собственность московских бояр и воевод. На этот момент земли входили в состав Ореховского уезда Водской пятины Новгородской земли. В 1500 году на территории современного центра Петербурга находилось 21 поселение, в котором было 138 дворов. В 1583 году Швеция вновь пыталась утвердиться на этих землях, но устье Невы осталось за русскими[3].